音乐治疗在不同的治疗环境和治疗条件下，根据不同的治疗目标，进行不同深度层次的治疗。美国著名音乐治疗家Wheeler将音乐治疗的临床应用分为三个层次。各种音乐治疗治疗方法技术可以根据治疗的需要和方法的适应症来归纳到这些不同的层次中。   

1.支持性音乐治疗 
    这是较浅层次的治疗，但在各个领域应用的最广泛。在这一层次，各种治疗的目标一般来说是通过各种治疗性的音乐活动，而不是通过心理的内省或心理的分析来达到的。支持性音乐治疗活动是为了提供来访者参与和体验治疗过程的机会，强化来访者健康的行为。活动的目标是增强正常的心理防御机制，促进正确的行为控制能力，支持健康的情感和思想，打破社会性孤立状态，提供安全感和现实社会的信息刺激，把来访者置于集体的动力影响之下，并对紧张焦虑的来访者起到安抚作用。

2.内省的音乐治疗 

这一层次的治疗较前面的支持性治疗更深一些，在各种领域中应用的也较广泛。在这一层次音乐治疗的过程中，在音乐活动的同时伴随着治疗师与来访者之间的语言交流。在治疗过程中，音乐活动的内容是主要针对情感和思想观念来安排的，并成为音乐活动之后语言讨论过程的主题。治疗强调暴露个人的思想，情感和人际之间反应的问题。治疗的注意力主要集中在对现实的体验，以及治疗师与患者之间的人际反应过程。因此治疗活动的设计是强调认识自己的情感，创造性的解决自己所面临的问题，和促使不良行为的改变。内省层次的音乐治疗体验侧重于帮助来访者重新建立自己的价值体系和行为模式，学习新的人际之间的态度和责任感。 

3.心理分析的音乐治疗